按中医脏腑学说理论选经配穴，主要体现在中医学的脏腑、体窍、情感相关理论方面。从五行归类可以看出中医把人体划分为以五脏为中心的五大系统，我们可以根据五行归类原则，五行相生原则和五行相克原则来选经配穴。
①五行归类原则
五行归类原则说明在一个系统中，内脏与体窍情感的关系。当五体、五官、心理情志发生病变或有异常改变时，我们可以选配该系统的脏腑经穴。如目疾、筋病、烦躁易怒，皆可选配肝经经穴和胆经经穴；耳病、骨病，皆可选配肾经经穴；肺病可选配大肠经经穴；胆病可选配肝经经穴等等。
②五行相生原则
五行之间依木—火—土—金—水—木的次序相养相助，谓五行的相生。生我者为母，我生者为子，如木生火，火生上，则木为火之母，土为火之子。根据《难经·六十九难》“虚则补其母，实则泻其子”的原则，某脏发生病变时，如为虚证，则在补该脏的同时，还应补其母脏。以肝阴肝血不足者为例，可用补法刮肝经，并配以补法刮肾经，这在中医称之为滋水涵木。如为实证，则在泻肝脏的同时，还应泻其子脏，以肝火上炎者为例，可用泻法刮肝胆经，并配以泻法刮心经与小肠经。
③五行相克原则
五行之间，依木—上—水—火—金—木的次序相制约，相抑制，叫五行的相克。若相克太过、相克不及或反克，就都属于不正常的病理状态。之所以出现上述不正常的病理状态，多是因为一方太强，另一方太弱的缘故。因此使用刮痧法时，就应当采用扶弱抑强的手段，也就是说用补法刮弱者一方的经穴，用泻法刮强者一方的经穴。使它们之间重新恢复到稳态。如肝气旺、脾气虚，就会出现胁痛、易怒、腹胀、便溏等肝木乘脾土的病证，治疗时就应当采取泻肝胆经补脾胃经的方法。
上述几个方面的选经配穴思路在实际应用时是综合运用、交叉渗透的，这对中医或西医工作者来说是很容易掌握的，但对非医务工作者来说就不容易理解和掌握了。
