恽南田的伯父恽向是个名画家，南田从小就跟伯父学过诗文绘画。脱离火坑归家后，南田开始画山水。他的作品在当时的一些画家、文人中评价已经很高。历来所出的各种绘画史籍，都将他的山水作品列入清初的摹古派内。这是因为他的作品大都师法宋、元诸大家以及明代沈周、唐寅等人笔意，以后又与当时画坛上颇负盛名的“虞山派”、“娄东派”的主要人物过从密切的缘故。当他三十岁时，在常州唐宇昭家中遇到了常熟画家王恽（字石谷）。两人交谈后，觉得非常投机，从此结成莫逆之交。南田在与石谷挥毫作画时，觉得自己与石谷的笔意极相似，甚至彼此作品也难分轩轾。可是，石谷这时仍依人篱下，尚未成名；他的诗文修养，尤其是书法，则远不如南田。南田非常关心朋友的前途。他想，石谷的山水画很出众，定可闻名于天下。我的山水画与他笔意相仿，我绝不能与朋友去争短长，而应当舍己以成人之美。

于是，南田就改画花卉，以北宋名画家徐崇嗣没骨画法（即不用墨笔勾勒，直接用笔蘸色挥写）作画。他又常对花写生，十分注意描绘花叶的阴阳、向背和它在风露日月中的变态。王石谷见恽南田以后不画山水，改画花卉，初时不解其意，后来知道了南田的心意，十分感动。石谷再三劝南田不要放弃他本来擅长的山水画。对这件事，南田自己也曾在一段题跋中提及说：“石谷不喜予写生，尝对孙承公云：‘正叔研精花卉，日求其趣，其于烟云山水之机疏矣。’余初不以为然，已而思写生与画山水用笔则一，蹊径不同，久于老叶，手腕必弱，一花一叶，岂能通千岩万壑之趣乎？”

可见他们两人的交往，远非历代旧文人那样相互轻视妒嫉，而是相互关切与爱护的。此后南田虽仍以画花卉为主，但也兼画山水。王石谷画了画常主动征求南田的意见，并主南田在自己的画幅上题跋。南田亦深知石谷笔意，经过他题跋，画的精妙之处，都能点出。他们二人合作的作品，人称“恽王合壁”，当时就是画坛的珍品。石谷对南田的花卉画也十分推崇，曾有诗云：墨花飞处起灵烟，逸兴纵横玳瑁筵。自有雄谈倾四座，诸侯席上说南田。

恽南田悉心画花卉，尤工牡丹，世称“恽牡丹”。他的画法一洗时习，别开生面，终于成为写生正宗，成了历史上有名的“恽派花卉”，或称“常州派花卉”。